院牧服務在香港公立醫院的開展始於1984年，由於事工的理念與異象得到基督徒醫護和地區教會的認同與支持，數年間已有迅速的增長。1989年院牧服務分別在八間公立醫院開設。於87年初，十多位院牧及教牧同工目睹院牧服務的發展如雨後春筍，有感彼此之間需要互相維繫及善用資源，於是開始了每季一次的「交流分享聚會」，並組成「院牧聯會」籌備計劃小組。至89年10月正式成立「香港醫院院牧事工聯會」，召開第一次會員大會，並選出「臨時委員會」負責發展聯會事宜。90年9月聘請陳一華牧師擔任聯會首位總幹事，91年聯會正式註冊為有限公司，並成立第一屆董事會，主席為劉少康牧師。聯會成立初期租用旺角一小單位作為辦公室，92年5月購置現址，同年11月正式遷入，並舉行「會址暨資源中心」啟用感恩典禮。
90年代是院牧服務的開創期，所以聯會成立後的頭十年，專注全面拓展院牧事工，一方面聯繫地區教會，另方面積極向各區醫院推介院牧服務，促進醫院設立駐院院牧。為進一步推廣「全人醫治、全人健康」的理念與異象，91年出版了《慈聲》雙月刊創刊號，至今《慈聲》已超過110期。此外，為院牧建立團契，連繫各區院牧，彼此分享支持，並鼓勵更多義工投身探訪行列，更於92年舉辦了全港醫院探訪義工頒獎見證盛會。隨著院牧對臨床牧關訓練(CPE)的需求增加，聯會亦於93及94年舉辦CPE訓練，使更多院牧同工得到專業裝備。
由於院牧服務迅速發展而且廣受認同，陳一華牧師因而獲選為91年「香港十大傑出青年」。94年聯會與全港醫院院牧室合辦「院牧服務十載情」，透過一連串活動推廣院牧事工，其中包括展覽、研討會、義工大旅行、院牧之夜晚會及台灣交流團，使院牧服務更為人認識，推展更見果效。
當聯會正踏入第二個十年，卻經歷了一些人事變動。陳一華牧師於95年8月請辭，總幹事一職懸空約有一年，期間要由董事協助處理事工，發展的步伐亦慢了下來。但蒙主保守，一切仍算是穩妥。96年3月院牧聯會更與一眾院牧室舉辦首屆聯合步行籌款活動，由聯會統籌並負責所有行政事宜。往後聯會每年繼續舉辦步行籌款，院牧室亦樂意參與，每年籌募成績亦相當理想。96年6月原任聯會執行幹事的林偉廉院牧從夏威夷進修後回港，出任署理總幹事，後為總幹事。林院牧在任期間除負責聯會的恆常事工，更致力開辦CPE課程，培訓院牧同工。可惜98年9月林院牧請辭，投入他專長的前線院牧服侍和CPE訓練，總幹事一職又再懸空。至99年1月由羅杰才牧師接任，至今已超過10年。
羅牧師上任後，提出「珍珠鏈子」的概念為聯會定位定向。聯會就好像一根繩子，只是導管的角色，要把每一夥珍珠，也就是每個院牧室串連在一起。聯繫的目的不僅是形式上的聯合，而是要促進各醫院院牧的事工彼此有交流、分享，資源和經驗也相互流通。99年聯會得到「世界傳道會/那打素基金」資助港幣三百萬元清還會址貸款，聯會因而能集中力量推展院牧服務。
為使《慈聲》能更有效推廣院牧服務的理念，羅牧師革新《慈聲》的內容和設計，並加強闡述牧關理念，成果亦得到肯定。2000年聯會再申請那打素基金，為全港院牧室添置電腦，並建立香港醫院院牧事工網頁(www.hospitalchap.org.hk)，讓全港院牧服務能同時透過網頁平台得到廣泛推廣。為促進院牧的交流及提升裝備，聯會又將院牧團契的模式改為「在職院牧研討會」，研討與團契並重；並定期舉行主任院牧會議，又製作不同的探病資源供應各區院牧室。
2001年，羅牧師提出了差遣院牧的呼籲及撰寫了《差遣院牧獻議》，並先後得到中華基督教會長洲堂、真理浸信會、中華基督教閩南三一堂和宣道會北角堂的回應。差遣院牧至今仍待教會支持。
此外，聯會雖然不直接開辦CPE，卻提供「CPE津助計劃」，鼓勵在職院牧持續接受CPE訓練，幫助院牧成長及提高院牧服務的水平。02年聯會舉辦大型的「全人醫治研討會」，與醫護、院牧及教牧一同反思、重整及重新承擔醫院關懷的使命。
03年初SARS突然來襲，聯會與全港院牧室共同抗疫—召集分區代禱、與鴻福堂合作舉辦「一杯涼水」行動、開設「電話輔導熱線」及參與建立「視像探訪」。疫後舉辦「主愛醫燃」及「心靈音樂會」，延續關心與熱心，聯會的行動得到醫管局嘉許。04年統籌「院牧服務廿載情」一系列推廣及感恩活動，包括醫院巡迴展覽、分區牧關講座、院牧義工嘉許、感恩晚宴及出版獻禮等，讓院牧服務的理念進一步拓展，而全港院牧亦更凝聚合一。
05年開始，聯會每年舉辦「院牧日」，藉以凝聚及深化院牧同工的關係、增進事奉交流。為使院牧服務達到專業的要求，又於06年成立研究小組，並與所有院牧探討專業發展路向及草擬《守則》和《手冊》。由07年起舉辦神學生醫院牧關日，藉此深化醫院牧關教育。此外，仍不斷開發新的探病資源，包括推出MP3聽福音計劃，並出版以醫院定位的《關心》，透過院牧室供應全港醫院病人、家屬及醫護員工，讓醫院成為一個更充滿愛的地方。
經過了25年的努力，也因著醫管局對「全人醫治」的肯定，院牧的身份最近獲得醫院進一步的認同。由08年起，各間醫院已相繼給予院牧榮譽委任(Honorary Appointment)，但這也意味著醫院對院牧的重視和要求將進一步提升。銀禧之後，院牧服務將會面對著新的機遇與挑戰，也必然催化院牧達致專業的要求。院牧聯會希望繼續發揮「珍珠鏈子」的角色，聯繫及協助各院牧室，並與院牧團隊的先進們一起致力提升院牧服務的質素、深化持續培訓、建立專業制度，務求回應醫院和病人對心靈關顧的需要，讓院牧事工的發展能更見果效，實現「全人醫治、全人健康」的理想。