○三年SARS一疫，使整個醫療界陷入最嚴峻的一年，全港醫院進入最高戒備狀態，每天醫護人員都要穿上整套防感染裝束去面對SARS的挑戰。下班後更要第一時間全人清洗才可回家，有些甚至要搬到隔離營，不敢與家人見面。為保障市民的安全，醫院管理局更下令停止醫院所有的探訪活動，院牧室也不例外。所有探訪和活動因此都要被迫停止，包括院牧和義工床邊探訪、定期聚會等。
隨著疫情受到控制，探訪開始有限度地恢復。病人家屬、朋友可在指定的時間和限定的人數內探訪，院牧也可以到病房探望病者（高危病房除外），但義工探訪卻是遲遲沒有恢復。
一直以來，義工都是院牧服務背後一個重要的支持力量。一間醫院的病人往往是數以千計，若只靠院牧探訪，根本無法關懷所有病人，而且病者的家屬、院內的員工也同樣需要關心，失去義工支援，院牧的擔子就更重了。在這段最需要愛心和關懷的日子裏，義工不得進入病房，最直接受影響的，應是病者了，因他們少了義工的關心、慰問，而且各項聚會都要被迫停辦，連病者聽福音的機會也都減少了。
院牧除了失去一群強大的支援人手外，因著醫院探訪被限制，有一些義工更因而淡出參與，院牧更要想辦法維持他們的熱心。另一方面，人的心在那裏，經濟支持也在那裏。因為參與減少，由SARS期間直至現在，都有院牧室出現奉獻不斷下降的情況，甚至有些因財政嚴重不敷，未能發放薪金給同工。可想而知，院牧同工所面對的環境有多困難，他們一方面要保護自己的人生安全，進到病房裏關心更多的病人和醫護員工；另一方面又要為事工的經濟張羅；還有為了與義工維持密切的夥伴關係，常常致電問候他們的近況，並以郵寄通訊、舉辦講座、訓練班、祈禱會、旅行及交誼活動，與他們保持聯絡，給他們關心。真的有很多事情需要兼顧。
○四年五月底，醫院終於除下黃色應變警示。各醫院隨亦逐步開放探訪安排，並讓義工再次投入服務。九龍中醫院聯網在六月十二日於伊利沙伯醫院舉行「九龍中醫院聯網義工服務復工典禮」，宣佈義工服務再次展開，伊利沙伯醫院院牧室及九龍醫院院牧室也有參與其中。
其他的院牧室，大都在六、七月開始恢復義工服務。但因著各醫院對義工的不同要求和限制，院牧同工又要忙著為義工們辦理醫院的登記手續，因此在恢復探訪的進度上也各有不同，例如：有些醫院要求義工在進行床邊關懷的前幾天，必須將探訪申請交給醫院審批，獲得准許後，才可到指定的病房探訪，甚至在時間和人數上都會有所限制。亦有一些醫院，只要求在探訪前登記便可。有這樣的分別，原因是不同的醫院有不同的風險程度。至於院牧室若要邀請教會的弟兄姊妹協助舉行崇拜、聚會，或是參與節期性活動，都會比以前困難。因為舉行這些聚會，需要比較大量人手，協助的不一定是長期義工。但SARS之後，到醫院當義工的，就必需先成為醫院的登記義工，並接受「防感染訓練」。因此教會的弟兄姊妹要作一次性的義工服務，自然是會出現困難，這也是現時院牧室所要面對的問題。
雖然每間醫院在義工的安排上，都有不同的要求和指引，但院牧同工都很明白，這都是醫院為保障他們安全的措施，並不是要阻撓和難為他們。所以院牧同工也很樂意配合醫院的指引，一步一步的恢復義工服務。盼望教會牧者、弟兄姊妹和有心服侍的關懷者，能與他們一起走進醫院，無論你是在行動上、經濟上或是禱告上支持，都會給院牧們很大的鼓勵，也會使病人直接受惠。