「非典型肺炎」（SARS）疫症帶來很多的衝擊，對院牧服務影響也很大，在這些影響下，院牧與醫院及醫護人員之間的合作有何變化？院牧服務模式要否改變？由於 SARS的原故，一些以前沒有的服務，現在竟然可以，而且還可以繼續發展，就如視像探訪服務。就這些問題，五月的在職院牧研討會曾進行探討，並邀得屯門、威爾斯及大埔三間醫院的院牧代表分享。
首先是威爾斯醫院羅桂蓮院牧，她對SARS疫症前後有這樣的看見︰SARS前急症室與深切治療病房（ICU），都經常有傳呼，院牧可隨意進入要去的病房，病房分科也很清楚。並且院牧義工亦穩定承擔成人、兒童及床邊的關懷工作，配搭愉快。可是SARS之後，義工的參與完全停止，所有病房調配得非常混亂，並且掛上謝絕探訪的告示，急症室亦曾一度被關閉，ICU病房也嚴禁進入，院牧服務完全受阻。
但院牧並不氣餒，反而看到另一個積極層面，一. SARS之後，與醫護人員的關係緊密了，彼此多了關懷慰問及祈禱分享。二. 團契生活豐富了，經常一起讀經、祈禱和唱詩，更有生命反省的時刻。三. 人的生命改變了，以前一直隱藏身份的基督徒員工，現因著疫症而看見自己的渺小和限制，在人面前流淚禱告依靠神，求神加智慧與力量。四. 探訪模式改變了，改為多以慰問咭表達，甚至透過視像網絡探訪，或許也是將來會多了一種新的探訪模式。可見SARS雖然帶來困難，但並無損害院牧的負擔。
這疫症對屯門醫院的影響又如何？黃天安牧師表示院牧服務與其他院牧室一樣，很多服務也停下來。為回應SARS疫症，院牧部便與屯元區教會緊急召開一個祈禱會，並邀請謝婉雯醫生分享「如何面對SARS這病毒」，有一百三十多人參加，但想不到那晚竟然是最後一次與謝婉雯醫生見面。因著謝醫生與劉永佳護士受感染，醫院主動邀請院牧協助，發起一個全院性的祈禱會，為兩位送上祝福，及對院內同事表達支持，院方的高層人士也有參加。他們相繼離世後，院牧又協助醫院為死者舉辦追思會，兩次出席的人都很多，當中不少更是高層官員，院方也欣賞和尊重院牧的角色。因而與醫護人員的關係明顯進步，需要物資的時候，也容易取得，期間聽到某高級醫生說︰「請你們看守我們的同事」。院牧的身份是被受接納與認同，可說是提升了。
另一方面也得到教會與社區的關注，收到各界人士送來的食物與生果、以及奉獻買來的口罩和保護衣物。在一些抗SARS的活動，又被邀請出席，看見社區對院牧的接納。至於將來方向，稍後會與醫院面談商議，這是SARS之後帶給我們的改變。
關於大埔醫院的情況又如何？劉麗儀院牧憶述醫院在三月底停止了所有義工服務與探訪，並開始接收SARS病人，員工們都很擔心，甚至半夜致電請院牧要求為他們祈禱。直到四月中，SARS病毒蔓延大埔區，很多居民受感染，成為全港的重災區，居民對醫院發出埋怨。所以緊急召集一個祈禱會，得到院牧聯會提供協助，雖然在很短的時間內籌辦，但出席人數也有三百之多，會上又簽上心意咭送給大埔兩間醫院員工。
祈禱會之後，院牧與大埔區教會發動了一個防炎祝福大行動，藉著單張、防炎紙巾，宣傳橫額，廣告燈廂，將「願你們平安」的訊息帶給大埔居民，有三十三間教會支持，我們將院牧聯會「關心熱線」及院牧室電話登在燈廂內，供有需要的人使用。在經費的籌募上，開始時有擔心，但結果是超過所想所求。除此之外，更有一個突破，就是醫院行政總監董醫生，在五月十六日召集院牧部舉辦一個祈禱會，為那些受感染的醫護人員禱告，有約一百人出席，很多是部門主任，其中三份二卻是非基督徒，SARS使院牧的見證更加明顯了。
回顧整個SARS疫潮，可以這樣說，危機卻成為了轉機，與員工的關係更進一步，市民對院牧身份也認同多了。
總結以上三位的分享，SARS之後院牧事工的確有較大改變，一. 與醫院及醫護人員的關係明顯緊密，有助日後事工的合作。二. 院牧身份因此而得到提升，不論在醫護界或社區都廣為人認識及接納。三. 與社區的距離拉近了，將來容易走進社區。四. 與教會保持緊密合作，這對推動醫院牧關工作甚為重要。五. 延續及發展其他可能的新模式，將其廣泛化。整體來說，SARS之後，院牧事工都是邁向正面積極的發展，這是值得感恩的事，也是需要代禱記念的事。